Theo quy định, các quỹ Đầu tư mạo hiểm hoạt động theo nguyên tắc tuân thủ pháp luật Việt Nam và điều ước quốc tế; đảm bảo minh bạch, hiệu quả, chấp nhận rủi ro có kiểm soát. Các quỹ này được định hướng hỗ trợ hệ sinh thái khởi nghiệp sáng tạo, ưu tiên đầu tư vào doanh nghiệp có tiềm năng tăng trưởng trong các lĩnh vực công nghệ cao, công nghệ chiến lược, kinh tế xanh, kinh tế tuần hoàn và phát triển bền vững, tạo tác động tích cực đến kinh tế, xã hội, môi trường.
Về địa vị pháp lý, Quỹ Đầu tư mạo hiểm quốc gia được tổ chức theo mô hình công ty trách nhiệm hữu hạn hai thành viên trở lên hoặc công ty cổ phần. Tương tự, Quỹ Đầu tư mạo hiểm địa phương cũng hoạt động dưới hình thức doanh nghiệp. Cả hai quỹ đều có tư cách pháp nhân, con dấu riêng, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước hoặc các ngân hàng trong và ngoài nước theo quy định pháp luật.
Cơ cấu tổ chức và quyền hạn của quỹ được quy định trong Điều lệ quỹ theo Luật Doanh nghiệp. Bộ Khoa học và Công nghệ là cơ quan đại diện phần vốn nhà nước tại Quỹ Đầu tư mạo hiểm quốc gia, trong khi Ủy ban nhân dân cấp tỉnh giữ vai trò tương tự đối với quỹ địa phương. Các quỹ được phép thuê tổ chức, cá nhân chuyên nghiệp quản lý, điều hành hoạt động, đồng thời có thể thành lập hội đồng tư vấn và thẩm định đầu tư.
Mục tiêu chính của quỹ là thu hút nguồn lực đầu tư cho các doanh nghiệp và dự án khởi nghiệp sáng tạo, có tiềm năng tăng trưởng đột phá, giải quyết các thách thức về kinh tế, xã hội và môi trường. Bên cạnh đó, quỹ còn đóng vai trò thúc đẩy phát triển hệ sinh thái khởi nghiệp sáng tạo quốc gia, đồng thời tạo nền tảng hình thành thị trường đầu tư mạo hiểm tại Việt Nam phục vụ phát triển kinh tế - xã hội và hội nhập quốc tế.
Quỹ Đầu tư mạo hiểm quốc gia có thể góp vốn, mua cổ phần, phần vốn góp tại doanh nghiệp khởi nghiệp trong và ngoài nước; đồng thời hợp tác đầu tư với các quỹ khác để mở rộng quy mô và phạm vi đầu tư. Trong khi đó, quỹ địa phương tập trung đầu tư trong nước, góp phần xây dựng hệ sinh thái khởi nghiệp sáng tạo cấp tỉnh, phù hợp với đặc điểm phát triển của từng địa phương.
Về nguồn vốn, Quỹ Đầu tư mạo hiểm quốc gia có vốn điều lệ gồm phần vốn nhà nước cấp từ dự toán chi đầu tư phát triển của Bộ Khoa học và Công nghệ, tối thiểu 500 tỷ đồng khi thành lập. Trong 5 năm đầu, quy mô vốn điều lệ quỹ đạt tối thiểu 2.000 tỷ đồng, bao gồm phần vốn nhà nước và vốn huy động từ các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước theo quy định của pháp luật.
Đối với quỹ đầu tư mạo hiểm của địa phương, vốn điều lệ được cấp từ nguồn chi đầu tư phát triển của địa phương theo quyết định của Ủy ban nhân dân tỉnh. Ngoài phần vốn nhà nước, quỹ được phép huy động thêm từ tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước. Nguồn vốn này giúp địa phương chủ động hơn trong việc hỗ trợ doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, gắn đầu tư mạo hiểm với định hướng phát triển kinh tế vùng.
Nguồn doanh thu của quỹ gồm lợi nhuận từ hoạt động đầu tư, lãi tiền gửi tạm thời nhàn rỗi, khoản tài trợ, viện trợ, đóng góp tự nguyện hợp pháp, cùng thu từ thoái vốn, thanh lý tài sản và các khoản thu hợp pháp khác. Cơ cấu doanh thu được thiết kế linh hoạt, tạo điều kiện cho quỹ duy trì hoạt động ổn định, tái đầu tư hiệu quả và hỗ trợ lâu dài cho cộng đồng khởi nghiệp.
Các khoản chi của quỹ được chia thành chi hoạt động và chi đầu tư. Chi hoạt động bao gồm quản lý, điều hành, hỗ trợ phát triển hệ sinh thái khởi nghiệp sáng tạo với mức tối đa 5% lợi nhuận sau thuế hằng năm. Chi đầu tư gồm góp vốn thành lập doanh nghiệp, mua cổ phần, phần vốn góp và đầu tư vào các quỹ khác. Ngoài ra, quỹ được phép trích lập dự phòng rủi ro đầu tư mạo hiểm theo Điều lệ và quy định pháp luật.
