Tại Điều 1 dự thảo Luật, Bộ Tài chính đề xuất sửa đổi, bổ sung khoản 1 Điều 5 Luật Thuế GTGT theo hướng quy định rõ hơn về chính sách thuế đối với sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu.

Theo đó, doanh nghiệp, hợp tác xã mua sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã khác sẽ không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT, nhưng được khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Quy định này được kỳ vọng sẽ tháo gỡ vướng mắc trong chuỗi cung ứng nông sản, giảm áp lực kê khai và tăng tính minh bạch trong khâu lưu thông hàng hóa.

Dự thảo cũng sửa đổi khoản 5 Điều 9 để quy định cụ thể: phế phẩm, phụ phẩm, phế liệu được thu hồi để tái chế, sử dụng lại khi bán ra sẽ áp dụng mức thuế suất theo mặt hàng tương ứng.

Bộ Tài chính cũng đề xuất bãi bỏ điểm c khoản 9 Điều 15 của Luật Thuế GTGT hiện hành, cụ thể là bỏ điều kiện “người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế”. Việc bãi bỏ này nhằm giảm bớt thủ tục, rút ngắn thời gian hoàn thuế, bảo đảm quyền lợi chính đáng của doanh nghiệp.

Về việc tuân thủ quy định tại khoản 2 Điều 6 Nghị định số 78/2025/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật, dự thảo Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT đã được xây dựng trên cơ sở đảm bảo tính hợp hiến, hợp pháp, thống nhất và đồng bộ của hệ thống pháp luật, đồng thời làm rõ, hoàn thiện và lược bỏ những nội dung không còn phù hợp.

Cụ thể, tại khoản 1 Điều 1, dự thảo bổ sung quy định mới: Doanh nghiệp, hợp tác xã mua sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường, khi bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã khác không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT, nhưng được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Tại khoản 2 Điều 1, dự thảo bãi bỏ quy định: “Sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường được sử dụng làm thức ăn chăn nuôi, dược liệu thì áp dụng thuế suất GTGT theo mức thuế suất quy định cho sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản” tại khoản 5 Điều 9 của Luật hiện hành.

Tại khoản 3 Điều 1, dự thảo loại bỏ điều kiện hoàn thuế quy định tại điểm c khoản 9 Điều 15 của Luật Thuế GTGT về yêu cầu “người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế”. Việc lược bỏ nội dung này nhằm đơn giản hóa thủ tục, rút ngắn thời gian hoàn thuế, góp phần tạo thuận lợi cho doanh nghiệp trong hoạt động sản xuất, kinh doanh.

Theo dự thảo, Luật sửa đổi, bổ sung sẽ có hiệu lực từ ngày 01/01/2026.