Xuất hiện bất cập trong thực tiễn

Bộ Tài chính cho biết, ngày 26/11/2024, Quốc hội đã ban hành Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT), có hiệu lực thi hành từ ngày 1/7/2025. Trong quá trình triển khai, Bộ đã nhận được nhiều kiến nghị của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Hội đồng Tư vấn Chính sách của Thủ tướng Chính phủ cùng các hiệp hội và doanh nghiệp, phản ánh về những vướng mắc trong chính sách thuế GTGT đối với lĩnh vực nông nghiệp và sản xuất thức ăn chăn nuôi.

Cụ thể, việc áp dụng mức thuế GTGT 5% đầu vào đối với các sản phẩm nông nghiệp mua bán qua khâu thương mại đang gây nhiều bất cập. Với những mặt hàng có phần lớn sản lượng dành cho xuất khẩu như cá tra, hồ tiêu, cà phê, doanh nghiệp phải nộp thuế GTGT rồi lại làm thủ tục hoàn thuế, dẫn đến lãng phí thời gian, chi phí và đọng vốn. Trong khi đó, các tổ chức tín dụng thường không giải ngân phần vốn tương ứng với khoản thuế này, khiến doanh nghiệp gặp khó khăn về dòng tiền và giảm hiệu quả kinh doanh.

Ngoài ra, nông sản và thủy sản nhập khẩu lại không phải chịu thuế GTGT khi nhập vào Việt Nam, tạo nên sự bất bình đẳng giữa hàng hóa sản xuất trong nước và hàng nhập khẩu. Chẳng hạn, doanh nghiệp nhập khẩu không phải vay ngân hàng để nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu, trong khi doanh nghiệp xuất khẩu lại phải vay vốn để nộp thuế khi mua nông, thủy sản trong nước phục vụ xuất khẩu.

Đối với doanh nghiệp sản xuất thức ăn chăn nuôi, việc thuế GTGT 5% đầu vào không được khấu trừ buộc họ phải tính vào chi phí sản xuất, làm tăng giá bán sản phẩm. Điều này ảnh hưởng trực tiếp đến người chăn nuôi và làm giảm sức cạnh tranh của sản phẩm trong nước so với thức ăn chăn nuôi nhập khẩu vốn không chịu thuế GTGT.

Bên cạnh đó, các doanh nghiệp xuất khẩu tuy được hoàn thuế GTGT đầu vào nhưng thường bị chậm do phải chờ người bán kê khai và nộp thuế đầy đủ theo quy định tại điểm c, khoản 9, Điều 15 Luật Thuế GTGT. Trong thực tế, doanh nghiệp mua không có công cụ pháp lý hoặc kỹ thuật để kiểm tra tình trạng tuân thủ thuế của nhà cung cấp tại thời điểm lập hồ sơ hoàn thuế. Nếu bên bán chưa kê khai hoặc còn nợ thuế, hóa đơn của doanh nghiệp mua sẽ không được chấp nhận hoàn thuế, dù họ đã thực hiện đầy đủ nghĩa vụ kê khai, lưu giữ chứng từ và thanh toán qua ngân hàng. Thực trạng này khiến doanh nghiệp bị ảnh hưởng dòng tiền, chậm tiến độ sản xuất kinh doanh và chịu thiệt hại dù không có lỗi.

Không phát sinh thủ tục hành chính

Từ những bất cập trên, Bộ Tài chính cho rằng việc sửa đổi, bổ sung Luật Thuế GTGT là cần thiết. Mục tiêu nhằm hoàn thiện chính sách thuế GTGT đối với nông sản, thức ăn chăn nuôi và quy định về hoàn thuế, qua đó tháo gỡ điểm nghẽn, xử lý kịp thời các vướng mắc trong thực tiễn, đồng thời tạo động lực cho doanh nghiệp phát triển sản xuất, góp phần thúc đẩy tăng trưởng bền vững.

Theo Bộ Tài chính, việc xây dựng dự án Luật sẽ bảo đảm tuân thủ quy định của Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật và phù hợp với các luật có liên quan, hướng đến sự thống nhất, đồng bộ trong hệ thống pháp luật và đáp ứng yêu cầu phát triển kinh tế xã hội trong giai đoạn mới.

Bộ khẳng định dự thảo Luật không làm phát sinh thêm thủ tục hành chính. Các quy định được xây dựng theo hướng kế thừa và duy trì ổn định của hệ thống pháp luật hiện hành, bảo đảm không gây thêm gánh nặng cho người dân và doanh nghiệp.

Về phân cấp và phân quyền, dự thảo Luật không có nội dung liên quan đến việc phân cấp hoặc phân quyền giữa các cơ quan quản lý nhà nước. Toàn bộ nội dung được xây dựng trong phạm vi thẩm quyền hiện có, phù hợp với chức năng, nhiệm vụ của các cơ quan theo quy định.

Dự thảo Luật cũng không có quy định về việc thành lập tổ chức hoặc bộ máy mới để triển khai, do đó không phát sinh thêm nhu cầu nhân lực, không tăng đầu mối tổ chức hay biên chế hưởng lương từ ngân sách, bảo đảm thi hành Luật trong khuôn khổ nguồn lực hiện có.