Cụ thể, Thông tư này hướng dẫn thực hiện việc hỗ trợ kinh phí từ ngân sách nhà nước đối với doanh nghiệp trực tiếp phục vụ quốc phòng, an ninh quy định tại điểm b, c, d, đ, e khoản 1 Điều 7 Nghị định số 16/2023/NĐ-CP ngày 25/4/2023 của Chính phủ về tổ chức quản lý và hoạt động của doanh nghiệp trực tiếp phục vụ quốc phòng, an ninh và doanh nghiệp kết hợp kinh tế với quốc phòng, an ninh; sửa đổi quy định tại điểm g khoản 1 Điều 23 Nghị định số 47/2021/NĐ-CP ngày 1/4/2021 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Doanh nghiệp (sau đây gọi là Nghị định số 16/2023/NĐ-CP).

Theo đó, đối tượng áp dụng là doanh nghiệp trực tiếp phục vụ quốc phòng, an ninh theo quy định tại Điều 3 Nghị định số 16/2023/NĐ-CP; Cơ quan, tổ chức và cá nhân có liên quan đến việc thực hiện các chính sách đối với doanh nghiệp quy định tại Thông tư này.

Thông tư cũng quy định rõ, các chính sách đối với doanh nghiệp trực tiếp phục vụ quốc phòng an ninh. Trong đó, Nhà nước bố trí ngân sách và các nguồn lực khác để đảm bảo các khoản chi theo chế độ, định mức theo quy định của pháp luật gồm: quân trang cho sĩ quan, quân nhân chuyên nghiệp, công nhân quốc phòng, viên chức quốc phòng, hạ sĩ quan, công nhân công an, người làm công tác cơ yếu; chi cho nhiệm vụ diễn tập, huấn luyện chiến đấu, huấn luyện dự bị động viên; các khoản chi cho công tác quốc phòng, an ninh, công tác phục vụ quốc phòng, quan hệ quân dân.

Cùng với đó, Nhà nước bố trí ngân sách và các nguồn lực khác để cấp kinh phí cho việc duy trì, bảo dưỡng, sửa chữa vận hành các dây chuyền, trang thiết bị sản xuất, sửa chữa sản phẩm quốc phòng, an ninh trong thời gian thực tế tạm ngừng sản xuất sản phẩm quốc phòng, an ninh theo quyết định của cấp có thẩm quyền (Bộ Quốc phòng, Bộ Công an hoặc cơ quan chuyên môn, đơn vị đầu mối trực thuộc Bộ Quốc phòng, Bộ Công an) về thời gian tạm ngừng sản xuất của từng dây chuyền, trang thiết bị sản xuất, sửa chữa sản phẩm quốc phòng, an ninh và tiêu chuẩn, định mức cho việc duy trì, bảo dưỡng, sửa chữa vận hành các dây chuyền, trang thiết bị này.

Ngoài ra, Nhà nước bố trí ngân sách và các nguồn lực để hỗ trợ quỹ khen thưởng, phúc lợi bằng 2 tháng lương thực hiện trong trường hợp doanh nghiệp không đủ nguồn từ lợi nhuận sau thuế để trích lập quỹ khen thưởng, phúc lợi trên cơ sở kết quả đánh giá, xếp loại doanh nghiệp và phương án phân phối lợi nhuận sau thuế theo quy định của pháp luật.

Đồng thời, Nhà nước bố trí ngân sách và các nguồn lực khác để hỗ trợ kinh phí nhà trẻ, giáo dục tại địa bàn chưa có trường lớp theo hệ thống giáo dục công lập; kinh phí y tế đối với những nơi do điều kiện đặc biệt phải duy trì bệnh xá hoặc nhà trẻ, bệnh xá trên địa bàn cần thiết phải duy trì theo quyết định của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng, Bộ trưởng Bộ Công an.

Thông tư cũng nhấn mạnh, việc hỗ trợ kinh phí cho doanh nghiệp được thực hiện đảm bảo nguyên tắc: trường hợp doanh nghiệp và người lao động được hưởng nhiều chính sách hỗ trợ cùng một nội dung thì chỉ được hưởng chính sách cao nhất; trường hợp, doanh nghiệp được ngân sách nhà nước bố trí kinh phí thực hiện theo chương trình, đề án, dự án cụ thể có các nhiệm vụ nêu trên thì thực hiện theo chương trình, đề án, dự án đã được phê duyệt.

Thông tư số 97/2025/TT-BTC cũng hướng dẫn cụ thể trích khấu hao đối với những tài sản cố định; việc lập dự toán kinh phí hỗ trợ từ ngân sách nhà nước và thanh quyết toán kinh phí.