EMAGAZINE: Luật Thuế Giá trị gia tăng 2024: Nhiều cơ hội mới cho doanh nghiệp nông - lâm - ngư nghiệp

Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT) năm 2024 được Quốc hội thông qua đã chính thức có hiệu lực từ ngày 1/7/2025, đánh dấu một bước điều chỉnh quan trọng trong khung chính sách thuế hiện hành, đặc biệt đối với các lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp và thủy sản. Sau gần nửa năm triển khai, những phản ánh từ doanh nghiệp cho thấy quá trình làm quen với cơ chế mới còn không ít vướng mắc. Tuy vậy, chỉ khi doanh nghiệp thay đổi tư duy, điều chỉnh mô hình vận hành, chủ động thích nghi với chính sách mới thì những lợi ích mà Luật GTGT 2024 đem lại mới có thể phát huy đầy đủ, trở thành động lực thúc đẩy tăng trưởng bền vững cho toàn bộ khu vực kinh tế nông - lâm - ngư nghiệp.

Ngày 26/11/2024, Quốc hội thông qua Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15. Luật mới thay thế Luật Thuế GTGT năm 2008 và các lần sửa đổi sau đó, với mục tiêu hoàn thiện hệ thống chính sách thuế, tiệm cận thông lệ quốc tế và tăng tính minh bạch trong quản lý.

Mặc dù không dành riêng một chương cho lĩnh vực nông - lâm - ngư nghiệp, nhưng nhiều quy định của Luật mới lại tác động trực tiếp đến hoạt động sản xuất của doanh nghiệp trong nhóm ngành này. Điểm thay đổi đầu tiên và được quan tâm nhiều nhất là việc điều chỉnh lại nhóm hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT. Những mặt hàng vốn được miễn thuế như phân bón, máy móc phục vụ sản xuất nông nghiệp, tàu khai thác thủy sản xa bờ… nay không còn thuộc nhóm không chịu thuế, mà chuyển sang nhóm chịu thuế.

Một nội dung nổi bật khác là điều chỉnh thuế suất. Khoản 2 Điều 9 của Luật quy định một số mặt hàng trước đây không thuộc diện chịu thuế nay áp dụng thuế suất 5%, ví dụ phân bón hay tàu phục vụ khai thác hải sản tại vùng biển. Đồng thời, một số sản phẩm từng được áp chung mức 5% - như lâm sản chưa chế biến, đường và phụ phẩm ngành đường - chuyển sang chịu mức thuế 10%. Những thay đổi này có tác động không nhỏ đến giá thành sản phẩm, cơ cấu chi phí và khả năng cạnh tranh của doanh nghiệp.

Về khấu trừ thuế đầu vào, quy định mới chặt chẽ hơn so với trước. Điều 14 Luật Thuế GTGT 2024 yêu cầu toàn bộ hàng hóa - dịch vụ mua vào muốn được khấu trừ phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (trừ trường hợp đặc biệt do Chính phủ quy định). Trước đây, hóa đơn dưới 20 triệu đồng không bắt buộc thanh toán không dùng tiền mặt vẫn được khấu trừ. Ngoài ra, doanh nghiệp phải bổ sung thêm các chứng từ liên quan như phiếu đóng gói, vận đơn, chứng từ bảo hiểm hàng hóa (nếu có). Điều này đòi hỏi doanh nghiệp phải quản trị hồ sơ - chứng từ rất chặt chẽ.

Luật cũng đặt ra quy định mới về hoàn thuế, khi bổ sung trường hợp doanh nghiệp chỉ sản xuất hàng hóa, dịch vụ chịu thuế 5% và có số thuế đầu vào chưa khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên trong 12 tháng hoặc 4 quý liên tiếp, sẽ được hoàn thuế GTGT. Đây là quy định mở, có lợi cho doanh nghiệp xuất khẩu hoặc doanh nghiệp có chu kỳ đầu tư lớn.

Một thay đổi quan trọng khác là phương thức tính thuế GTGT với hàng nhập khẩu được điều chỉnh thống nhất với Luật Thuế xuất nhập khẩu. Giá tính thuế nay được xác định theo trị giá tính thuế nhập khẩu cộng với thuế nhập khẩu và các khoản thuế bổ sung (nếu có), cộng thêm thuế tiêu thụ đặc biệt và thuế bảo vệ môi trường. Cách tính mới giúp minh bạch hơn và dễ áp dụng hơn trong thực tiễn.

Đặc biệt, từ ngày 1/1/2026, Luật quy định ngưỡng doanh thu 200 triệu đồng/năm đối với hộ và cá nhân kinh doanh. Những đối tượng dưới ngưỡng này sẽ không phải nộp thuế GTGT - chính sách hỗ trợ rất thiết thực đối với hộ sản xuất nhỏ, trang trại gia đình trong lĩnh vực nông nghiệp và thủy sản.

Ngay khi Luật đi vào thực tiễn, nhiều hiệp hội ngành hàng đã phản ánh một loạt khó khăn: từ việc xác định thuế suất 0%, 5% hay 10%, cho đến sự thiếu rõ ràng giữa khái niệm “sơ chế - chế biến - nguyên liệu - phụ phẩm”. Các doanh nghiệp cũng gặp áp lực dòng tiền khi một số mặt hàng chuyển từ miễn thuế sang chịu thuế 5%, hoặc từ 5% tăng lên 10%, dẫn đến lượng thuế GTGT đầu vào phải chờ hoàn lớn hơn. Bên cạnh đó, yêu cầu khắt khe về chứng từ khiến không ít doanh nghiệp bị gián đoạn khâu khấu trừ thuế.

Tuy nhiên, nhìn tổng thể, những điều chỉnh này mang lại nhiều giá trị tích cực, đòi hỏi doanh nghiệp thay đổi cách quản trị để tận dụng cơ hội.

Thứ nhất, tối ưu hóa chi phí và giá vốn. Những mặt hàng đầu vào trước đây được miễn thuế nay phải chịu thuế GTGT khiến chi phí tăng lên. Nhưng nếu doanh nghiệp nắm rõ quy định mới, họ có thể lựa chọn lại nhà cung cấp, tái cấu trúc chuỗi giá trị hoặc đầu tư công nghệ để tối ưu hóa chi phí. Việc ứng dụng máy móc hiện đại, quy trình sản xuất mới cũng giúp giảm chi phí sản xuất, nâng cao năng suất – bù đắp phần chi phí thuế tăng thêm.

Thứ hai, thuận lợi hơn trong hoàn thuế - đặc biệt với doanh nghiệp xuất khẩu. Ngành nông, lâm, thủy sản có đặc thù xuất khẩu nhiều. Do đó, việc bổ sung trường hợp hoàn thuế đầu vào từ 300 triệu đồng trở lên là cơ hội lớn để doanh nghiệp có thêm nguồn vốn quay vòng, cải thiện dòng tiền và giảm gánh nặng chi phí. Khoản hoàn thuế này có thể giúp doanh nghiệp mở rộng vùng nguyên liệu, tăng đầu tư hạ tầng hoặc cải thiện chất lượng sản phẩm xuất khẩu.

Thứ ba, tăng tính minh bạch và nâng cao khả năng tiếp cận tài chính. Quy định về thanh toán không dùng tiền mặt để được khấu trừ thuế tuy khắt khe, nhưng là bước quan trọng để doanh nghiệp minh bạch hóa tài chính. Hệ thống kế toán rõ ràng giúp doanh nghiệp giảm rủi ro thanh kiểm tra thuế, đồng thời tạo điều kiện thuận lợi khi tiếp cận vốn vay ngân hàng hoặc các chương trình tín dụng ưu đãi trong nông - lâm - thủy sản.

Thứ tư, giảm gánh nặng thủ tục cho hộ sản xuất nhỏ. Ngưỡng doanh thu 200 triệu đồng/năm giúp hàng trăm nghìn hộ cá thể, trang trại nhỏ được miễn thuế GTGT, giảm đáng kể chi phí tuân thủ. Đây là nhóm đối tượng chiếm tỷ trọng lớn trong sản xuất nông nghiệp – thủy sản, nên quy định này sẽ tạo động lực cho sản xuất nhỏ phát triển, đồng thời mở ra cơ hội hợp tác giữa doanh nghiệp và nông hộ theo mô hình chuỗi liên kết.

Thứ năm, hỗ trợ doanh nghiệp xây dựng chuỗi giá trị bền vững. Nhờ quy định thuế rõ ràng, minh bạch, doanh nghiệp có thể tái thiết chuỗi cung ứng từ đầu vào đến tiêu thụ sản phẩm. Khi toàn bộ giao dịch đều được chuẩn hóa bằng chứng từ, hóa đơn điện tử, doanh nghiệp dễ dàng tham gia chuỗi cung ứng toàn cầu - nơi minh bạch và truy xuất nguồn gốc là yêu cầu bắt buộc.

Thứ sáu, thúc đẩy phát triển nông nghiệp xanh - sạch - bền vững. Khi quy định về khấu trừ đầu vào được siết chặt, doanh nghiệp buộc phải đầu tư thiết bị mới, cập nhật công nghệ để đáp ứng yêu cầu. Điều này vô hình trung thúc đẩy quá trình chuyển đổi xanh: sử dụng máy móc tiết kiệm năng lượng, sản xuất theo tiêu chuẩn an toàn, giảm thiểu rủi ro môi trường. Đây là điều kiện quan trọng để nông - lâm - thủy sản Việt Nam đáp ứng yêu cầu thị trường quốc tế, đặc biệt là EU và Mỹ.

Lợi ích của Luật GTGT 2024 chỉ thực sự phát huy khi doanh nghiệp chủ động thích ứng. Điều này đòi hỏi các đơn vị cần rà soát toàn bộ quy trình kế toán - thanh toán theo hướng hiện đại; xác định lại danh mục hàng hóa chịu thuế và thuế suất tương ứng để kê khai đúng; chuẩn hóa chứng từ: hợp đồng, vận đơn, phiếu đóng gói, hóa đơn điện tử; quản trị tồn kho - chi phí - dòng tiền theo chuẩn mới để không bị gián đoạn khấu trừ thuế; lập kế hoạch đầu tư dài hạn, nhất là đối với doanh nghiệp xuất khẩu có khả năng hoàn thuế.

Ngay lúc này, doanh nghiệp cần chuyển từ tư duy “làm theo thói quen” sang tư duy “quản trị chuyên nghiệp”. Đây là yêu cầu tất yếu để thích ứng với chính sách thuế trong thời kỳ hội nhập sâu rộng. Khi hệ thống thuế minh bạch, tiêu chuẩn cao hơn, chỉ những doanh nghiệp đủ năng lực và chủ động thay đổi mới có thể nắm bắt cơ hội tăng trưởng, vươn lên trong chuỗi giá trị nông - lâm - ngư nghiệp.