Theo Nghị định, vị trí và chức năng của bộ được xác định căn cứ Điều 22 và Điều 23 Luật Tổ chức Chính phủ. Bộ thực hiện quản lý đa ngành, đa lĩnh vực, đồng thời chịu trách nhiệm toàn diện về mọi hoạt động do Bộ trưởng đứng đầu. Nguyên tắc tổ chức bộ máy theo hướng tinh gọn, hiệu năng, hiệu lực và hiệu quả được nhấn mạnh, đồng thời thúc đẩy phân cấp, ủy quyền trong phạm vi quản lý nhà nước.

Mỗi Bộ sẽ được tổ chức thành các đơn vị cơ bản gồm: Vụ và tương đương, Văn phòng (nếu có), Thanh tra (nếu có), Cục và tương đương, cùng các đơn vị sự nghiệp công lập. Các đơn vị sự nghiệp công lập bao gồm: Các đơn vị nghiên cứu chiến lược, chính sách về ngành, lĩnh vực; Báo, Tạp chí; Trung tâm Thông tin; Trường, Trung tâm hoặc Học viện thực hiện chức năng đào tạo, bồi dưỡng cán bộ, công chức, viên chức.

Vụ là đơn vị thuộc Bộ, thực hiện chức năng tham mưu tổng hợp hoặc chuyên sâu về ngành, lĩnh vực quản lý, hoặc tham mưu công tác quản trị nội bộ. Vụ không có tư cách pháp nhân, không có con dấu, không có tài khoản, nhưng Vụ trưởng được ký thừa lệnh Bộ trưởng các văn bản hướng dẫn chuyên môn. Vụ hoạt động theo chế độ Thủ trưởng kết hợp chuyên viên và chỉ được thành lập khi khối lượng công việc tối thiểu 15 biên chế công chức trở lên.

Văn phòng Bộ là tổ chức tham mưu tổng hợp, theo dõi và đôn đốc các đơn vị trực thuộc thực hiện chương trình, kế hoạch công tác. Văn phòng cũng chịu trách nhiệm quản lý hành chính, văn thư, lưu trữ, kiểm soát thủ tục hành chính, cải cách thủ tục, triển khai cơ chế một cửa, một cửa liên thông và quản trị nội bộ. Văn phòng có thể gồm phòng và đơn vị sự nghiệp công lập, tùy theo quy định cụ thể của từng Bộ.

Cục thuộc Bộ thực hiện chức năng tham mưu giúp Bộ trưởng quản lý ngành, lĩnh vực, tổ chức thực thi pháp luật. Cục loại 1 quản lý chuyên ngành tập trung, không phân cấp địa phương, còn Cục loại 2 tham mưu và giải quyết một số lĩnh vực được phân công. Cục có thể bao gồm Ban hoặc phòng, Văn phòng, Thanh tra, Chi cục và đơn vị sự nghiệp công lập. Tiêu chí thành lập Cục gồm đối tượng quản lý chuyên ngành, phạm vi phân cấp và số lượng công chức tối thiểu 30 biên chế.

Nghị định nêu rõ không tổ chức phòng trong Vụ, trừ các trường hợp đặc biệt như vụ mới sáp nhập từ 3 đầu mối trở lên hoặc vụ có biên chế từ 45 công chức trở lên. Trong những trường hợp này, phòng có thể được thành lập với tối thiểu 15 biên chế công chức. Số lượng phòng trong Vụ phải được quy định rõ trong Nghị định, nhằm bảo đảm quản lý hiệu quả và tránh phình bộ máy.

Về số lượng cấp phó, Nghị định quy định người đứng đầu Vụ, Văn phòng, thanh tra, cục loại 2, đơn vị sự nghiệp công lập tối đa bình quân 3 người. Trường hợp cơ quan hợp nhất từ hai hoặc ba đơn vị, số cấp phó được tăng thêm một hoặc hai người. Cục loại 1 có tối đa 4 cấp phó. Quy định chi tiết này đảm bảo cân bằng giữa nhu cầu lãnh đạo và hiệu quả vận hành bộ máy.

Các Chi cục, phòng và đội thuộc cục được bố trí cấp phó dựa trên quy mô biên chế và phạm vi nhiệm vụ. Ví dụ, Chi cục với 4 phòng trở lên được phép tối đa 2 cấp phó; Chi cục thực hiện dịch vụ 24/24 giờ hoặc có từ 60 biên chế trở lên có tối đa 3 cấp phó. Phòng thuộc Cục loại 1 hoặc 2 cũng được bố trí cấp phó dựa trên số lượng biên chế, bảo đảm khả năng quản lý và giám sát hiệu quả.

Nghị định 303/2025/NĐ-CP không áp dụng đối với Bộ Quốc phòng và Bộ Công an, nhưng là cơ sở pháp lý quan trọng để các Bộ còn lại chuẩn hóa cơ cấu tổ chức. Việc quy định chi tiết về cấp phó, biên chế và các đơn vị trực thuộc giúp tăng tính minh bạch, giảm chồng chéo và thúc đẩy quản lý nhà nước hiện đại, đồng thời phù hợp với yêu cầu tinh gọn, hiệu quả và phục vụ công tác cải cách hành chính.