Nhiều ý kiến cho rằng thủ tục, hồ sơ để hưởng ưu đãi thuế TNDN quy định tại các điều 4, 13, 14 và 15 của Luật Thuế TNDN cần được hướng dẫn cụ thể hơn để bảo đảm thuận lợi trong quá trình thực hiện.Bộ Ng oại giao nêu rõ: Khoản 6 Điều 18 Luật Thuế TNDN giao Bộ Tài chính quy định thủ tục, hồ sơ được hưởng ưu đãi thuế, nhưng Điều 4 của dự thảo Thông tư chỉ dẫn chiếu sang pháp luật quản lý thuế mà không nêu chi tiết. Bên cạnh đó, hệ thống văn bản về quản lý thuế đang được sửa đổi, nên việc dẫn chiếu chung chung có thể gây khó khăn và thiếu nhất quán cho doanh nghiệp. Vì vậy, Bộ Ngoại giao đề nghị Bộ Tài chính hướng dẫn cụ thể hơn để doanh nghiệp dễ dàng áp dụng.
Phản hồi nội dung này, Bộ Tài chính cho biết, Luật Quản lý thuế và Thông tư số 80/2021/TT-BTC đã quy định đầy đủ về hồ sơ, thủ tục miễn giảm thuế, khai thuế, hoàn thuế và các thủ tục liên quan. Nếu tiếp tục quy định trong dự thảo Thông tư sẽ gây trùng lặp. Do đó, dự thảo giữ nguyên cách dẫn chiếu như hiện nay.
Liên quan cơ chế “xác nhận trước” (advance ruling), Thuế TP. Hà Nội đề nghị bổ sung để doanh nghiệp được cơ quan thuế xác nhận trước về điều kiện ưu đãi thuế, qua đó giảm rủi ro khi tự xác định. Cơ chế này đã được áp dụng tại nhiều quốc gia và góp phần khuyến khích đầu tư, đặc biệt trong lĩnh vực công nghệ cao. Tuy nhiên, Bộ Tài chính cho rằng việc xác định ưu đãi phải dựa trên điều kiện thực tế khi hoạt động sản xuất kinh doanh đã phát sinh, cơ quan thuế không thể xác nhận trước nên đề nghị giữ nguyên quy định dự thảo.
Đối với nghĩa vụ thuế TNDN của tổ chức nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam hoặc có thu nhập tại Việt Nam, Bộ Khoa học và Công nghệ đề nghị điều chỉnh bố cục điểm b khoản 1 Điều 7 của dự thảo Thông tư để thống nhất với nội dung khoản 2 Điều 7. Hiệp hội Thương mại Hoa Kỳ tại Hà Nội (Amcham) cũng kiến nghị đưa trường hợp ngoại trừ liên quan kho ngoại quan, ICD và doanh nghiệp chế xuất từ khoản 1 xuống khoản 2 Điều 7 để tránh diễn giải khác nhau khi áp dụng. Bộ Tài chính đã tiếp thu và điều chỉnh theo kiến nghị này trong dự thảo Thông tư.
Về cách xác định doanh thu tính thuế đối với nhà thầu nước ngoài, Ngân hàng Nhà nước đề nghị rà soát lại quy định dẫn chiếu vì Điều 8 dự thảo Nghị định không đề cập nội dung “chi phí do Bên Việt Nam trả thay”. Bộ Tài chính cho biết đã chỉnh sửa theo hướng làm rõ: doanh thu tính thuế là toàn bộ số tiền nhà thầu nước ngoài nhận được trước thuế, bao gồm cả khoản chi phí do bên Việt Nam trả thay (nếu có).
Thuế tỉnh Phú Thọ cũng đề nghị làm rõ khái niệm “thuế suất phổ thông” tại khoản 7 Điều 7 vì không được nêu trong Luật Quản lý thuế. Bộ Tài chính đã tiếp thu, sửa đổi theo hướng quy định cụ thể mức thuế suất là 20%.
Ủy ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam đề nghị đưa bảng tỷ lệ phần trăm tính thuế TNDN theo từng ngành nghề vào phụ lục Thông tư để tiện tra cứu. Tuy nhiên, Bộ Tài chính cho biết nội dung này đã được quy định tại dự thảo Nghị định hướng dẫn thi hành Luật Thuế TNDN nên để tránh trùng lặp, dự thảo Thông tư chỉ dẫn chiếu thực hiện theo Nghị định.
Những góp ý nêu trên đang được Bộ Tài chính tổng hợp, nghiên cứu để tiếp tục hoàn thiện dự thảo Thông tư, bảo đảm đồng bộ với dự thảo Nghị định và phù hợp với Luật Thuế TNDN sửa đổi, đồng thời tạo điều kiện thuận lợi hơn cho doanh nghiệp và cơ quan quản lý trong quá trình thực thi.
