Theo tổng hợp của Bộ Tài chính, các đơn vị như Bộ Công Thương, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch, các tỉnh Lạng Sơn, An Giang, Điện Biên, TP. Hải Phòng cùng Hiệp hội Lương thực Việt Nam, Hiệp hội Cà phê Ca cao Việt Nam, Hiệp hội Thức ăn chăn nuôi Việt Nam đều nhất trí với nội dung dự thảo Luật.

Ngoài ra, một số ý kiến góp ý cụ thể cũng được Bộ Tài chính ghi nhận, giải trình và tiếp thu phù hợp với quy định pháp luật hiện hành. Cụ thể, Hiệp hội Thức ăn chăn nuôi Việt Nam kiến nghị quy định rõ trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã mua sản phẩm chưa hoặc chỉ qua sơ chế thông thường ở khâu kinh doanh thương mại không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.

Phản hồi góp ý này, Bộ Tài chính cho biết, khoản 1 Điều 1 của dự thảo Luật đã quy định rõ: Các sản phẩm cây trồng, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Trường hợp sản phẩm ở khâu kinh doanh thương mại thì không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT, nhưng được khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Vì vậy, theo Bộ Tài chính, quy định hiện tại đã bao quát nội dung mà Hiệp hội Thức ăn chăn nuôi Việt Nam đề xuất, không cần bổ sung thêm.

Thuế tỉnh Tuyên Quang đề nghị bổ sung định nghĩa hoặc hướng dẫn cụ thể về các hoạt động được xem là “sơ chế thông thường” để thuận tiện trong quá trình thực hiện. Về vấn đề này, Bộ Tài chính dẫn chiếu Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 01/7/2025 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế GTGT. Theo đó, sản phẩm chỉ qua sơ chế thông thường là các sản phẩm mới được làm sạch, phơi sấy khô, bóc vỏ, xay xát, nghiền, tách hạt, ướp muối, bảo quản lạnh hoặc đóng hộp kín khí… Trường hợp chưa xác định rõ, Bộ Nông nghiệp và Môi trường sẽ căn cứ vào quy trình sản xuất để xác định sản phẩm thuộc diện chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường.

Một số đơn vị như Hiệp hội Gỗ và Lâm sản Việt Nam, Công ty TNHH CJ Vina Agri, Công ty CP Đầu tư phát triển B&T Việt Nam đề nghị áp dụng hiệu lực thi hành từ ngày 01/7/2025. Tuy nhiên, Bộ Tài chính cho biết, theo Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật, thời điểm có hiệu lực của văn bản phải không sớm hơn 45 ngày kể từ ngày ban hành, trừ trường hợp đặc biệt được thực hiện theo trình tự, thủ tục rút gọn. Do vậy, đề xuất áp dụng hiệu lực từ ngày 01/7/2025 là chưa phù hợp với quy định hiện hành.

Hiệp hội Thức ăn chăn nuôi Việt Nam và Công ty TNHH CJ Vina Agri kiến nghị sửa đổi, bổ sung khoản 3 Điều 5 của dự thảo Luật theo hướng: “Nguyên liệu, thức ăn chăn nuôi theo quy định của pháp luật về chăn nuôi; nguyên liệu, thức ăn thủy sản theo quy định của pháp luật về thủy sản”.

Theo các đơn vị này, khoảng 70% nguyên liệu sản xuất thức ăn chăn nuôi có nguồn gốc từ các sản phẩm cây trồng chưa qua chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường như ngô, thóc, cám, gạo, sắn, bã bia, bã rượu... Các sản phẩm này, theo Luật Chăn nuôi, đều được xếp vào nhóm “thức ăn chăn nuôi truyền thống” nên cần được áp dụng thống nhất trong Luật Thuế GTGT. Tuy nhiên, trong thực tế triển khai, cơ quan thuế hiện đang hiểu các sản phẩm trên thuộc khoản 1 Điều 5 và điểm d khoản 2 Điều 9 của Luật, dẫn đến cách áp dụng chưa thống nhất. Vì vậy, việc bổ sung cụm từ “nguyên liệu” vào khoản 3 Điều 5 sẽ giúp làm rõ, thống nhất cách hiểu và tránh phát sinh khiếu nại, kiến nghị sau này.

Phản hồi góp ý này, Bộ Tài chính cho biết, tại khoản 2 Điều 1 dự thảo Luật đã bỏ quy định về nguyên tắc áp dụng thuế suất đối với sản phẩm nông nghiệp sử dụng làm thức ăn chăn nuôi (quy định tại khoản 5 Điều 9 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15), để thực hiện theo quy định của pháp luật về thức ăn chăn nuôi. Do đó, sẽ không còn phát sinh vướng mắc như hiện nay và không cần thiết phải bổ sung quy định như kiến nghị.

Hiệp hội Gỗ và Lâm sản Việt Nam đề nghị bổ sung khoản 10 vào Điều 15 của Luật Thuế GTGT, quy định: “Đối với hồ sơ đáp ứng đầy đủ quy định, được phép hoàn thuế trước, kiểm tra sau; chỉ kiểm tra trước khi hoàn nếu có bằng chứng vi phạm. Tổ chức, cá nhân chịu trách nhiệm trước pháp luật về hồ sơ hoàn thuế GTGT do mình lập”. Về nội dung này, Bộ Tài chính cho rằng quy định về hoàn thuế trước, kiểm tra sau thuộc phạm vi điều chỉnh của pháp luật về quản lý thuế, nên kiến nghị nêu trên không thuộc phạm vi của dự thảo Luật.

Bên cạnh đó, Hiệp hội Thức ăn chăn nuôi Việt Nam và Hiệp hội Cà phê – Ca cao Việt Nam đề nghị xem xét hoàn thuế cho các doanh nghiệp đã nộp thuế GTGT 5%, nhằm tháo gỡ khó khăn về vốn. Bộ Tài chính khẳng định, quy trình hoàn thuế hiện nay đã được thực hiện theo quy định của pháp luật về quản lý thuế, bảo đảm chặt chẽ và minh bạch.